ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เกิดอหิวาตกโรคระบาดชุกชุมเมื่อ พ.ศ. 2424 ในครั้งนั้นทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้จัดตั้งโรงพยาบาลขึ้นชั่วคราวในที่ชุมชนรวม 48 ตำบล ครั้นโรคร้ายเสื่อมถอยลง โรงพยาบาลจึงได้ปิดทำการ หากแต่ในพระราชหฤทัยทรงตระหนักว่า โรงพยาบาลนั้นจะยังประโยชน์บำบัดทุกข์ บำรุงสุข ให้พสกนิกรและผู้อยู่ใต้ร่มพระบรมโพธิสมภาร แต่การจัดตั้งโรงพยาบาลนั้นเป็นการใหญ่ จำเป็นต้องมีคณะกรรมการเพื่อจัดการโรงพยาบาลให้สำเร็จ

         ดังนั้นเมื่อวันที่ 22 มีนาคม พ.ศ. 2429 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งคณะกรรมการจัดสร้างโรงพยาบาลขึ้น เพื่อดำเนินการก่อสร้างโรงพยาบาลถาวรแห่งแรก ณ บริเวณวังของกรมพระราชวังบวรสถานพิมุข (วังหลัง) ทางฝั่งตะวันตกของแม่น้ำเจ้าพระยา โดยพระราชทานพระราชทรัพย์เป็นทุนแรกเริ่มในการดำเนินการ

         ในระหว่างที่เตรียมการก่อสร้างโรงพยาบาลนั้น สมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอ เจ้าฟ้าศิริราชกกุธภัณฑ์ฯ พระราชโอรสอันประสูติจากสมเด็จพระศรีพัชรินทราบรมราชินีนาถ ได้ประชวรโรคบิดสิ้นพระชนม์ลงเมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม 2430 ยังความอาลัยเศร้าโศกแห่งพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าฯ ยิ่งนักถึงกับทรงมีพระราชปณิธานอย่างแรงกล้าที่จะให้มีโรงพยาบาลขึ้น ครั้นเสร็จงานพระเมรุแล้ว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้รื้อโรงเรือนและเครื่องใช้ต่าง ๆ ในงานพระเมรุนำไปสร้างโรงพยาบาล ณ บริเวณวังหลังดังกล่าว นอกจากนี้ยังพระราชทานทรัพย์ส่วนของสมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอ เจ้าฟ้าศิริราชกกุธภัณฑ์ฯ แก่โรงพยาบาลอีกด้วย

         ในระยะแรกคณะกรรมการจัดสร้างโรงพยาบาล ได้จัดสร้างเรือนพักผู้ป่วยขึ้น 6 หลัง และเมื่อวันที่ 26 เมษายน พ.ศ. 2431 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าฯ ทรงพระกรุณาเสด็จพระราชดำเนินทรงประกอบพิธีเปิด และพระราชทานนามว่า “โรงศิริราชพยาบาล” หรือที่ชาวบ้านนิยมเรียกว่า “โรงพยาบาลวังหลัง” โดยทำการบำบัดรักษาผู้ป่วยไข้ทั้งแผนปัจจุบันและแผนโบราณของไทย

         ในวันที่ 3 มกราคม พ.ศ. 2443 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พร้อมด้วย สมเด็จพระบรมราชินีนาถ เสด็จพระราชดำเนินทรงเปิดโรงเรียนแพทย์อย่างเป็นทางการ และพระราชทานนามว่า “ราชแพทยาลัย” ซึ่งเป็นนามดั้งเดิมของคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาลในปัจจุบัน

         ในระยะที่พระเจ้าน้องยาเธอ กรมหมื่นไชยนาทนเรนทร (สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรม พระยาชัยนาทนเรนทร) ทรงเป็นผู้บัญชาการราชแพทยาลัยได้ทรงโน้มน้าวพระทัย    สมเด็จพระเจ้าน้องยาเธอ เจ้าฟ้ามหิดลอดุลยเดช กรมขุนสงขลานครินทร์ (สมเด็จพระมหิตลาธิเบศร อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชนก) ให้สนพระทัยวิชาแพทย์ โดยเสด็จพระราชดำเนินศึกษาต่อด้านสาธารณสุขที่มหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ด สหรัฐอเมริกาเป็นเบื้องต้น และทรงสำเร็จการศึกษาปริญญาแพทยศาสตรดุษฎีบัณฑิตในเวลาต่อมา นอกจากนี้ทรงเป็นผู้แทนฝ่ายรัฐบาลไทยเจรจากับมูลนิธิร็อกกิเพลเลอร์ เพื่อยกระดับการศึกษาแพทย์ให้ถึงขั้นปริญญาและปรับปรุงกิจการต่าง ๆ ของโรงพยาบาลศิริราชในหลาย ๆ ด้าน

         โรงพยาบาลศิริราช ได้พัฒนาเป็นปึกแผ่นมั่นคงมาตามลำดับ ด้วยพระกรุณาธิคุณจาก สมเด็จพระมหากษัตราธิราชเจ้าทุกพระองค์ ตลอดจนพระบรมวงศานุวงศ์หลายพระองค์ในราชวงศ์จักรีและยังได้รับการสนับสนุนกิจการทั้งปวงจากประชาชนผู้มีจิตศรัทธาทั่วไปด้วย

         โรงพยาบาลศิริราช ตั้งอยู่เลขที่ 2 ถนนวังหลัง แขวงศิริราช เขตบางกอกน้อย กทม. 10700 นับเป็นโรงพยาบาลที่มีขนาดใหญ่ที่สุดแห่งหนึ่งในเอเชียอาคเนย์ มีเนื้อที่ 658,518 ตารางเมตร หรือ 412 ไร่ อาคาร 73 หลัง ปัจจุบันมีจำนวนเตียงทั้งสิ้น 2,239 เตียง แพทย์ 1,459 คน พยาบาล 4,051 คน และผู้ช่วยพยาบาล 2,421 คน รวมบุคลากรในฝ่ายต่าง ๆ อีก 7,955 คน ต่างปฏิบัติหน้าที่เพื่อรักษาผู้ป่วยทุกคนอย่างเต็มกำลังความสามารถ (ข้อมูล ณ ปี พ.ศ. 2565)

         โรงพยาบาลศิริราช คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล สังกัดมหาวิทยาลัยมหิดล มีการบริหารงานภายใน โดยมี
              - 1 สำนักงาน คือ สำนักงานผู้อำนวยการโรงพยาบาลศิริราช
              - 3 ฝ่าย คือ ฝ่ายการพยาบาล, ฝ่ายเภสัชกรรม และฝ่ายโภชนาการ
              - 17 งาน คือ งานทันตกรรม, งานเวชระเบียน, งานบริหารคลินิกพิเศษนอกเวลาฯ, งานเคลื่อนย้ายผู้ป่วย, งานสิทธิประกันสุขภาพ, งานบริการสุขภาพปฐมภูมิ, งานบริหารความเสี่ยงและควบคุมภายใน, งานสังคมสงเคราะห์, งานบริการผ้า, งานเวชภัณฑ์ปลอดเชื้อ, งานโภชนศาสตร์คลินิก, งานโรคติดเชื้อ, งานเปลี่ยนอวัยวะศิริราช, งานอาชีวอนามัย, งานออกแบบและควบคุมการก่อสร้าง, งานอุปกรณ์การแพทย์ และงานระบบแก๊สทางการแพทย์,
              - 9 ศูนย์ คือ ศูนย์ส่องกล้องทางเดินอาหาร, ศูนย์นิทรรักษ์ศิริราช, ศูนย์บริรักษ์ศิริราช, ศูนย์ธาลัสซีเมีย, ศูนย์โรคหลอดเลือดสมอง, ศูนย์เบาหวานศิริราช, ศูนย์รังสีร่วมรักษา, ศูนย์บริการการแพทย์ฉุกเฉิน (EMS), และศูนย์บริหารสิ่งส่งตรวจ(SiSC) รวมถึงโรงพยาบาลในเครือโรงพยาบาลศิริราช อีก 2 แห่ง คือ 1. โรงพยาบาลศิริราช ปิยมหาราชการุณย์ เป็นโรงพยาบาลต้นแบบสำหรับโรงพยาบาลรัฐในการบริหารจัดการด้วยรูปแบบวิธีการบริหารพิเศษ เพื่อให้มีรายได้ที่สามารถเลี้ยงตัวเองได้อย่างยั่งยืน โดยมีเป้าหมายคือ การมอบรายได้จากการดำเนินงานคืนกลับคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล เพื่อช่วยเหลือผู้ป่วย และช่วยเหลือกิจการของคณะฯ 2. ศูนย์การแพทย์กาญจนาภิเษก คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล ซึ่งเป็นเป็นโรงพยาบาลทุติยภูมิสังกัดคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล มหาวิทยาลัยมหิดล ตั้งอยู่เลขที่ 888 หมู่ 6 ตำบลศาลายา อำเภอพุทธมณฑล จ.นครปฐม

         คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล มีภาวะหลักในการผลิตบัณฑิตให้มีความรู้ ความสามารถส่งเสริมงานวิจัย ให้บริการทางวิชาการแก่สังคม พัฒนาการบริการทางการแพทย์ โดยใช้ทรัพยากรอย่างมีประสิทธิภาพ ตลอดจนอนุรักษ์และเผยแพร่กิจกรรม เพื่อทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรมของชาติอีกด้วยธนาคารเลือดคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล มีภาวะหลักในการผลิตบัณฑิตให้มีความรู้ ความสามารถส่งเสริมงานวิจัย ให้บริการทางวิชาการแก่สังคม พัฒนาการบริการทางการแพทย์ โดยใช้ทรัพยากรอย่างมีประสิทธิภาพ ตลอดจนอนุรักษ์และเผยแพร่กิจกรรม เพื่อทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรมของชาติอีกด้วย